Реал Вальядолид

Эусебио начинал свою карьеру профессионального футболиста в родном клубе «Реал Вальядолид», будучи зачисленным туда автоматически в раннем возрасте. В 1987-88 гг. перешёл в «Атлетико Мадрид».

После единственного сезона в Мадриде он присоединился к клубу «Барселона» и стал одним из тех игроков тренера Йохана Кройфа, которых тот наиболее часто использовал в последующих сезонах. Эусебио сыграл во всех матчах и победил в финале Кубка кубков Европы сезона 1989 года и в финале Кубка чемпионов Европы сезона 1992 года.

В двух последних сезонах в «Барселоне» Эусебио только 36 раз выходил на поле. Это повлияло на его уход в 1995 году в «Сельту», где он провёл больше двух сезонов подряд. В 2002 году в возрасте 38 лет он вернулся в родной Вальядолид, имея за плечами 543 матча в Примере, что является вторым по качеству результатом после вратаря Андони Субисарреты.

По окончании карьеры игрока Сакристан открыл футбольную школу в Вальядолиде для детей в возрасте от 6 до 12 лет; кроме этого он получил тренерскую лицензию и в 2003—2008 годах был членом тренерской команды Франка Райкаарда в «Барселоне».

В марте 2009 года Эусебио был назначен главным тренером «Сельты», — галисийцев, игравших во втором дивизионе. Покинул команду из Виго в 2010 году. В 2011 году назначен главным тренером «Барселоны Атлетик»