Реал Вальядолид

Илия Найдоски с 1984 до 1988 года играл за "Вардар" (Скопье). Затем перешел в "Црвену Звезду". В ее составе завоевал три титула чемпиона страны, Кубок Югославии, Кубок чемпионов и Межконтинентальный Кубок. После четырех сезонов в "Црвене Звезде" переходит в испанский "Вальядолид", за который играет два сезона. Далее переходит в турецкий "Дезинлиспор", а затем в ЦСКА из Софии. Футбольную карьеру завершил в швейцарском "Сьоне".

В сборной Югославии сыграл 11 встреч и забил один гол - в ворота Фарерских Островов. Дебютировал в 1990 году в гостевом квалификационном матче "Евро-92" против сборной Северной Ирландии. Играл в первой встрече сборной Македонии против Словении в 1993 году. За македонскую сборную сыграл девять встреч.